1999年NBA季後賽，馬刺與Duncan對上了洛杉磯湖人隊，Shaq O’Neal與Kobe Bryant。Duncan與KO雙人組的職業生涯有漫長的重疊，他們的對抗也注定名留青史，但在這一幕宏大史詩的開篇，是馬刺與Duncan以4比0獲勝，同時也拿下了隊史上第一座NBA總冠軍。
正當馬刺迷忙於慶祝他們第一座冠軍的同時，西區也發生了一件地震規模達芮氏8.0的大事：洛杉磯湖人隊招來了新總教練，帶領芝加哥公牛統治20世紀90年代，拿下1991-1993年與1996-1998年兩個三連霸，大名鼎鼎的禪師Phil Jackson。
其實馬刺與湖人從1981年開始便在西區季後賽對壘了，兩隊分別在1982、1983、1986、1988和1995年碰頭過，但直到1999年起雙方連續在西區季後賽半決賽或決賽上對決，加上禪師入主後，在媒體上放話說馬刺1999年縮水球季的冠軍是要打上“*”星號的，使得雙方對抗的態勢與溫度才逐漸升高，並隨著年復一年的季後賽較勁而演變成經典戲碼。
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平心而論，21世紀前10年，NBA是由馬刺與湖人兩隊所宰制的，尤其是1999~2004這幾年，誰能夠在雙方對抗中勝出，就能直指最後的NBA總冠軍(2004年除外)。
2000年是Tim Duncan進入NBA的第三年，他平均每場23.2分、12.4個籃板、3.2次助攻與2.2次火鍋，連續第三年入選年度第一隊，連續第二年入選年度防守第一隊。但他在四月份時弄傷了他的膝蓋，沒有Duncan的馬刺，西區季後賽第一輪就以3比1敗給了鳳凰城太陽。而湖人隊，則在總冠軍賽輾過了印第安納溜馬隊，拿下了三連霸的第一座冠軍。然而有論者指出，沒有經過馬刺隊考驗的冠軍，純度不高，因為當年若是湖人碰上馬刺與Duncan，很有可能闖不過第二輪！
2001年西區決賽，湖人4：馬刺0 (湖人獲NBA總冠軍)
該年例行賽的湖人就在Shaq與Kobe互相放話、互爭球對領導權的劇碼下結束(不過這種戲碼在Shaq-Kobe同在湖人的時期幾乎每年都發生就是了)，但很神奇的，這種爭吵在季後賽開始時便會暫告結束。2001年季後賽，湖人接連橫掃了波特蘭拓荒者與沙加緬度國王，在2001年西區決賽，衛冕軍湖人對上了馬刺。這個系列賽，原本眾人期待是Shaq與Duncan的對決，然而Kobe的殺出，打破了平衡，也殺了馬刺一個措手不及，第一場Kobe利用速度與舐血本能強壓馬刺年邁的後場(唯一有速度的Derek Anderson當時仍在養傷)，拿下了45分；而第二場雖然Duncan使出渾身解數拿下了40分、15籃板、3助攻與4火鍋，但Kobe繼續蹂躪馬刺後場，28分7籃板6助攻，關鍵時刻還在弧頂射進了一顆關鍵的三分球。2比0，馬刺主場全破，連帶本系列賽的懸念也全破。於是第三場湖人大勝39分(Shaq 35分，Kobe36分)，第四場湖人大勝29分(Shaq 26分，Kobe24分)，他們抱了1999年的一箭之仇，之後繼續在總冠軍賽以4比1輕取費城七六人，以15勝1負的傲人戰績拿下了二連霸。
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2002年西區半決賽，湖人4：馬刺1 (湖人獲NBA總冠軍)
2002年的Tim Duncan平均25.5分、12.7個籃板、3.7次助攻、2.5個火鍋，帶領馬刺拿下58勝，他也拿下了當年的年度MVP，加入了之前僅有Magic Johnson、Larry Bird、Moses Malone、Jabbar、Jordan、Olajuwon和Shaq等人所組成的同時擁有例行賽與總冠軍賽MVP的菁英俱樂部。
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而進入季後賽，馬刺第二輪的對手又是湖人。這五場比賽，每一場進入第四節前，領先的都是馬刺，但馬刺最終卻只拿下其中的一場勝利，就像Popovich說的：湖人的反擊證明了他們有多專注，而那會很可怕！不管是領先2分，還是領先21分，湖人都會捲起如海嘯般的逆轉浪潮，而這個系列戰讓湖人隊球迷看得血脈噴張，卻讓馬刺隊球迷看得步步驚心，心臟負荷極大。
2003年西區半決賽，湖人2：馬刺4 (馬刺獲NBA總冠軍)
2003年西區半決賽，馬刺連續第三年，五年內第四次，遇上了洛杉磯湖人。當然，這一年的湖人，雖然Shaq和Kobe還在，但他們已不是前兩年的湖人隊；而馬刺隊，雖然Duncan還在，但他們也不是前兩年的馬刺隊了。好比說，馬刺隊有了Bruce Bowen，有了Tony Parker，也有了Manu Ginobili。